С началом 90-х годов в истории хабаровского клуба началась черная полоса. Сложное финансовое положение, тотальный отъезд ведущих игроков в другие клубы, отбросили СКА на задворки элитного дивизиона.
В сезоне 1990/91 годов, проиграв 17 (!) матчей из 26, команда оказалась на предпоследнем - 13-м месте, и должна была покинуть высшую лигу. Удержаться в Элите удалось только благодаря решению Федерации расширить состав участников чемпионата страны.
Еще раз на грани краха команда оказалась после окончания сезона 1997/98 годов, когда путевку в высшую лигу выиграл другой хабаровский клуб «Нефтяник», имевший солидную поддержку со стороны Хабаровского нефтеперерабатывающего завода, и изъявивший желание видеть в своих рядах ведущих игроков СКА. В ситуацию вмешалась администрация Хабаровска, усилиями которой был достигнут компромисс, приведший к слиянию двух команд в одну, получившей название «СКА-Нефтяник», и ставшей правопреемницей прежнего СКА.
СКА (Хабаровск) в сезоне 1996/97 годов
Несмотря на то, что в 90-е костяк команды составляли воспитанники местной хоккейной школы (более половины состава), это обстоятельство так и не позволило ей показать высокие результаты. За весь период 90-х годов СКА только дважды смог финишировать в первой десятке участников чемпионата, ни разу не приблизившись к призовому пьедесталу.
ОСНОВНЫЕ ДАТЫ
06.12.1995. 1000-й матч команды в чемпионатах страны. Хабаровск. СКА (Хабаровск) – «Уральский трубник» (Первоуральск) – 5:2.
26.12.1998. 4000-й гол команды в чемпионатах страны. Дмитрий Попов. Хабаровск. СКА (Хабаровск) – «Саяны» (Абакан) – 6:0.
17.02.1999. Последний матч, сыгранный командой на стадионе им. В. Ленина. «СКА-Нефтяник» - «Старт» (Н-Новгород) – 4:0.
